2005年，2号线正式开通运营，开启了重庆交通的新纪元。

其间，整整历经了十年筹备，克服了政策调控、技术制约、经费短缺等种种困难，最终建成了西部地区第一条城市轨道交通线路，建成了中国第一条跨座式单轨交通线路。

2007年，轨道交通3号线二塘～龙头寺段、1号线朝天门～沙坪坝段相继开工。

2008年11月26日，重庆轨道交通客运总量突破1亿人次。

2009年，重庆市轨道交通总公司改制为重庆市轨道交通（集团）有限公司。重庆轨道交通6号线全面动工建设。

2011年7月28日，重庆首条地铁——重庆轨道交通1号线小什字～沙坪坝段开通试运营。

轨道交通1号线烈士墓站涂鸦墙创下中国室内涂鸦面积之最。

2011年9月29日，重庆轨道交通3号线两路口～鸳鸯段开通运营，从此世界上最长的跨座式单轨线路与市民见面了。

2011年12月5日，中国首座公轨两用桥 “菜园坝长江大桥”成桥试验圆满完成。

2011年12月12日，我国城市轨道交通领域最长的山岭隧道——中梁山隧道正式贯通。

2012年，轨道交通6号线五里店~康庄段、1号线沙坪坝~大学城段、6号线康庄~礼嘉段、3号线二塘~鱼洞段相继通车。

2013年，轨道交通6号线礼嘉~北碚段通车。

2013年10月28日，轨道交通环线开工建设。

2014年，轨道交通6号线五里店~茶园段、2号线新山村~鱼洞段、1号线大学城~尖顶坡段相继通车。

2016年，重庆轨道交通3号线北延伸段（碧津~举人坝）开通。

2017年，重庆轨道交通5号线一期北段（园博中心~大龙山）和10号线一期（鲤鱼池～王家庄）开通试运营，并在国内地铁线路中首次投入使用As型地铁车辆。

目前，重庆轨道交通已开通运营1、2、3、5、6、10号线，共计6条线路，线网覆盖重庆主城九区，运营里程达264公里。同时，轨道交通第二轮规划建设正如火如荼进行，“一张网、多模式、全覆盖”轨道交通体系的构建指日可待。